L’architecture générale est formée de 3 grands composants :

Le noyau rassemble un ensemble de scripts qui assurent la communication avec le SGBDD, la sécurité, le contrôle et le paramétrage des interfaces.
Les interfaces d’entrée regroupent deux types de données que le noyau va utiliser afin de générer les pages html que voit l’utilisateur. Il s’agit des informations dites statiques, c'est-à-dire communes à tous les usagers et celles dites attributaires qui déterminent en fonction du contexte d’utilisation les règles de mise en forme et de contrôle des informations statiques.
Les interfaces de sorties ont une constitution analogue aux précédentes à la nuance près que le document produit peu aussi bien être une page html qu’un fichier téléchargeable à destination d’un logiciel spécifique.

Les interfaces sont développées sur la base du langage php.

Le lien entre les tables constituant la base de données, est directement déterminé par l’utilisateur, ce qui permet de travailler autant à l’échelle de l’US, que de la structure, du fait, de l’UA, du site, d’un secteur, d’une région ou tout autre échelle ou notion.

Arch’IS dispose d’un processeur graphique qui permet la présentation des résultats sous la forme de cartes ou plans vectoriels (format SVG), géoréférencés. Chaque élément archéologique est identifié dans le code SVG par son appartenance à une référence de site et son numéro d’entité. Ainsi, chaque objet est lié à ses données présentes dans la base. La réciproque est également possible : à partir du résultat d’une requête, il est possible d’afficher la répartition sur le plan. L’application permet le travail sur plusieurs sites distincts.

Les interventions archéologiques ne sont pas toujours menées dans des zones couvertes par un accès inter/intranet, ce qui impose une utilisation « hors connexion ». Le choix a été fait du système de développement AMP (Apache, MySQL, PHP) qui reste indépendant des configurations matérielles. Ainsi, par le biais d’une interface de mise à jour, il est possible d’utiliser Arch’IS sur un ordinateur portable et de mettre à jour les données sur le serveur central a posteriori.
Dans l’optique de l’interopérabilité, les langages employés doivent être conforme aux standards du W3C, notamment ceux employant les syntaxes XM (XML, SVG, KML, VRML, X3D, SLA, IDML,...), mais également ceux permettant le transfert de données graphiques et attributaires avec les SIG (MIF/MID). Grâce à la mise en œuvre combinée des plusieurs langage de programmation et de balisage, Arch’IS peut importer des données issues d’applications tierces mais surtout exporter des données formatées (vers Word, Excel, Illustrator, Photoshop, ArcGIS, MapInfo, InDesign, Scribus, Acrobat, R, etc)